La riserva ospita una serie di laghi la cui origine è ancora oggetto di studio. La forma rotondeggiante della maggior parte di essi ha indotto alcuni studiosi a ritenere si possa trattare di conche carsiche riempite da acqua proveniente da sottosuolo. Secondo altri, invece, i laghi potrebbero essere la conseguenza di fenomeni franosi di grandi proporzioni (accumulo di acua lungo le depressioni formatesi a causa della frana). Non sono bacini di grandi dimensioni: il lago Astone, il lago Trifoglietti e il lago della Paglia superano di poco l'ettaro, il lago dei Due Uomini arriva a due ettari. Il lago del Frassino è già asciutto all'inizio della stagione secca. Sono tutti circondati da una fitta vegetazione e offrono al visitatore la suggestione di angoli naturali ancora intatti e magici.
Il lago Trifoglietti ospita rari esemplari di flora come la felce Osmunda regalis.

Con decreto del 3 aprile 2000 del Ministero dell'Ambiente i laghi di Fagnano e Monte Caloria sono stati riconosciuti come "Sito di importanza comunitario" (SIC).

Lago dei Due Uomini

In questo lago nel luglio del 1982 due erpetologo francesi, Dubois e breuil, scoprirono la presenza del tritone alprestre. Questo spledido anfibio caudato, denominato dai francesi Triturus alpestris inexpectatus per via della scopert inaspettata, é un animale esclusivo della fauna calabrese visto che, fino ad allora, era ritenuto tipico del centro Europa. In italia, infatti, si aveva conoscenza dui una popolazione meridionale rappresentata, però, dalla sottospecie Triturus alpestris apuanus che si spingeva fino al Lazio. i soggetti rinvenuti nel lago fagnanese hanno una dimensione di 8-12 centimetri di lunghezza. Il maschio é di colore scuro col ventre arancio o rosso e durante la riproduzione presenta una cresta dorsale bassa che arriva fino alla coda, mentre la femmina ha una colorazione uniforme. in questo ecosistema sono presenti anche altri due tritoni: il Triturus carnifex e il Triturus italicus.

Lago Trifoglietti

E' la presenza di particolari specie di piante che rende questo lago interessante da un punto di vista scientifico. Il nome gli deriva proprio da una di queste, l'Oxalis acetosella, che é formata da tre foglie. Qui cresce anche la felce florida o regale (Osmunda regalis) che, con le sue frondelunghe fino a 180 cm, é una delle più grandi in Italia (tipiche delle zone a clima oceanico). Da segnalare, infine, un'alga rossa (batracho-spernum) e la felce Blechnum spicant. Per quanto riguarda la fauna, invece, il lago trifogliette ospita diverse specie di tritoni, la salamandra pezzata (caratteristiti i suoi colori giallo e nero) e tante altre specie interessanti,. Questo bacino é circondato da faggi e ontani.

Lago della Paglia

Lago del Frassino

Lago Fonnente